В 2000 г. в ИМАШ РАН на базе лаборатории под руководством академика РАН Ю.Е. Нестерихина была создана выпускающая/базовая кафедра Московского физико-технического института «Вычислительные модели технологических процессов» (ВМТП). Специальность: «Прикладные математика и физика», направление:010656– «Математические и информационные технологии»; тип обучения: непрерывное 4х-годичное. С 2000 г. по декабрь 2010 г. заведующим кафедрой ВМТП оставался академик РАН Ю.Е. Нестерихин. В 2011 году кафедру ВМТП возглавил директор ИМАШ РАН академик РАН Р.Ф.Ганиев.
За период с 2000 г. по 2011 г. кафедра ВМТП осуществила 11 выпусков бакалавров и 10 выпусков магистров. В 2011-2012 учебном году на кафедре обучаются 22 студента МФТИ и выполняют исследовательскую работу 8 аспирантов. На кафедре работают как сотрудники лаборатории математического моделирования, так и сотрудники других подразделений ИМАШ РАН.